Was ist FAM in qPCR?

Was ist FAM in qPCR?

FAM oder 6-Carboxyfluorescein ist ein Fluoreszenzfarbstoff, der häufig in quantitativen Polymerase-Kettenreaktions-Tests (qPCR) verwendet wird. Es handelt sich um ein Reportermolekül, das die Erkennung und Quantifizierung einer bestimmten DNA-Sequenz in Echtzeit-PCR-Anwendungen ermöglicht. FAM ist an eine Sonde gebunden, die mit einer komplementären DNA-Sequenz innerhalb der Ziel-DNA hybridisiert. Wenn die Sonde intakt ist, wird die Fluoreszenz von FAM gelöscht. Während des PCR-Prozesses wird die Sonde jedoch durch die 5'- bis 3'-Exonukleaseaktivität der Taq-Polymerase abgebaut, wodurch der FAM-Farbstoff freigesetzt wird und fluoreszieren kann. Diese Fluoreszenz kann in Echtzeit gemessen werden und liefert quantitative Informationen über die ursprüngliche Menge der Ziel-DNA.

Hauptmerkmale von FAM in qPCR:

  • Fluoreszierender Reporter: FAM dient als fluoreszierender Reporterfarbstoff, der bei Anregung eine grüne Fluoreszenz aussendet, typischerweise bei einer Wellenlänge von 495 nm und bei 520 nm emittiert.
  • Quantifizierung: Die Intensität des Fluoreszenzsignals ist proportional zur Menge der Ziel-DNA und ermöglicht so eine quantitative Analyse.
  • Empfindlichkeit: FAM-markierte Sonden bieten eine hohe Empfindlichkeit und Spezifität beim Erkennen von Ziel-DNA-Sequenzen.
  • Vielseitigkeit: FAM ist mit den meisten qPCR-Instrumenten kompatibel und kann in Multiplex-Assays mit anderen Farbstoffen verwendet werden, sofern diese unterschiedliche Emissionsspektren aufweisen.

Anwendungen von FAM in qPCR:

  • Analyse der Genexpression: Quantifizierung der mRNA-Werte bestimmter Gene, um die Genexpression unter verschiedenen Bedingungen zu untersuchen.
  • Genotypisierung: Identifizierung genetischer Variationen, wie z. B. Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs).
  • Pathogenerkennung: Erkennen und Quantifizieren viraler, bakterieller oder anderer mikrobieller DNA/RNA in Proben.
  • Kopienzahlvariation: Beurteilung von Variationen in der Anzahl der Kopien eines bestimmten Gens in verschiedenen Genomen.
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