Die in einem Fluoreszenzmikroskop verwendeten Lichtquellen sind dafür ausgelegt, intensives Licht bei bestimmten Anregungswellenlängen bereitzustellen, damit die Fluorophore in der Probe fluoreszieren und Licht emittieren.

Bogenlampen
Hierbei handelt es sich um Breitbandlichtquellen, die Licht im UV-, sichtbaren und teilweise auch im nahen Infrarotbereich emittieren. Mit diesen Lampen werden Filter verwendet, um das für die Anregung eines bestimmten Fluorophors benötigte schmale Wellenlängenband auszuwählen.
- Quecksilberbogenlampen (HBO): Erzeugen hochintensives Licht mit charakteristischen starken Spektralspitzen, insbesondere im nahen Ultraviolett sowie im violetten, blauen und grünen Spektralbereich. Sie sind sehr hell, die Ausleuchtung des Sichtfelds kann jedoch ungleichmäßig sein.

- Xenonbogenlampen: Sie liefern über den sichtbaren Spektralbereich eine gleichmäßigere und kontinuierlichere spektrale Ausgangsleistung als Quecksilberlampen. Sie werden häufig für quantitative Messungen bevorzugt, bei denen eine gleichmäßige Intensität entscheidend ist, weisen jedoch an einigen wichtigen Anregungsmaxima typischerweise eine geringere Leistung auf.

- Metallhalogenidlampen: Bieten ein ähnliches Spektrum wie Quecksilberlampen, sind jedoch über die Zeit stabiler, was für die quantitative Bildgebung von Vorteil ist, und haben eine längere Lebensdauer.

Leuchtdioden (LEDs)
LEDs sind aufgrund ihrer langen Lebensdauer, geringen Wärmeentwicklung sowie ihrer schnellen und präzisen Steuerbarkeit (Ein-/Ausschalten) weit verbreitet.
- Einzelne LEDs: Jede LED emittiert üblicherweise Licht in einem relativ schmalen Wellenlängenband. (20-70nm). Sie benötigen keine Aufwärm- oder Abkühlzeit und ermöglichen einen schnellen Wechsel zwischen Wellenlängen.

Laser
Laser sind stark monochromatisch (sie emittieren Licht in einem sehr schmalen Wellenlängenbereich) und eignen sich daher ideal für hochauflösende und spezialisierte Bildgebungsverfahren.
- Typen: Zu den gängigen Lasern gehören Argon-Ionen-Laser (z. B. 488 nm), Helium-Neon-Laser (z. B. 543 nm, 633 nm) und verschiedene Diodenlaser (z. B. 405 nm).
- Anwendungen: Sie dienen als primäre Lichtquelle für fortgeschrittene Verfahren wie die konfokale Mikroskopie, die Fluoreszenzmikroskopie mit interner Totalreflexion (TIRF) und die Hochauflösungsmikroskopie (z. B. STED, PALM).

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